কোষের আকৃতি অনুসারে ব্যাকটেরিয়াকে নিম্নলিখিতভাবে শ্রেণিবিন্যাস করা হয়।
যথা- ১। কক্কাস, ২। ব্যাসিলাস, ৩। কমাকৃতি, ৪। স্পাইরিলাম, ৫। বহুরূপি, ৬। স্টিলেট বা তারকাকার এবং ৭। বর্গাকৃতির।
১. কক্কাস (Coccus) (বহুবচনে কক্কাই, Pl. Cocci): যে সব ব্যাকটেরিয়া কোষের আকৃতি প্রায় গোলাকার তাদেরকে কক্কাস বলে। কক্কাসকে আবার ছয়ভাগে ভাগ করা হয়েছে।
যথা-
(ক) মাইক্রোকক্কাস বা মনোকক্কাস (Micrococcus): যেসব ব্যাকটেরিয়া গোলাকার এবং একা একা থাকে তাদেরকে মাইক্রোকক্কাস বা মনোকক্কাস বলে; উদাহরণ- Micrococcus denitrificans.
(খ) ডিপ্লোকক্কাস (Diplococcus): দেখতে গোলাকার এবং এ ব্যাকটেরিয়াসমূহ জোড়ায় জোড়ায় থাকে; উদাহরণ- Diplococcus pneumoniae.
(গ) টেট্রাকক্কাস (Tetracoccus): যখন চারটি গোলাকার ব্যাকটেরিয়া একই তলে একত্রে বাস করে; উদাহরণ- Gaffkya tetragena।
(ঘ) স্ট্রেপটোকক্কাস (Streptococcus): এরাও দেখতে গোলাকার এবং চেইন (chain) বা মালার মতো সাজানো থাকে; উদাহরণ- Streptococcus lactis.
(ঙ) স্ট্যাফাইলোকক্কাস (Staphylococcus): এগুলো গোলাকৃতি ব্যাকটেরিয়া এবং অনিয়মিত গুচ্ছাকারে সাজানো থাকে, যা দেখতে অনেকটা আঙ্গুরের থোকার ন্যায় দেখায়; উদাহরণ- Staphylococcus aureus.
(চ) সারসিনা (Sarcina): এগুলো দেখতে গোলাকার। কক্কাস জাতীয় ব্যাক্টেরিয়াগুলো একত্রে সমান সমান দৈর্ঘ্যে, প্রন্থে ও উচ্চতায় একটি ঘনতলের মতো গঠন তৈরি করে তখন তাকে সারসিনা বলে; উদাহরণ- Sarcina lutea.
২. ব্যাসিলাস (Bacillus) (বহুবচনে ব্যাসিলি Pl. bacillil): দণ্ডাকৃতির ব্যাক্টেরিয়াকে ব্যাসিলাস ব্যাকটেরিয়া বলে; উদাহরণ- Bacillus albus, Clostridium botulinum, Pseudomonas tabaci ইত্যাদি।
ব্যাসিলাস ব্যাকটেরিয়া নিম্নলিখিত ধরনের-
ক) মনোব্যাসিলাস (Monobacillus): যখন ব্যাসিলাস ব্যাকটেরিয়া এককভাবে থাকে তখন তাকে মনোব্যাসিলাস বলে; উদাহরণ- Bacillus albus, Escherichia coli.
খ) ডিপ্লোব্যাসিলাস (Diplobacillus): দুটি ব্যাসিলাস ব্যাকটেরিয়া একত্রে যুক্ত অবস্থায় থাকলে তাকে ডিপ্লোব্যাসিলাস বলে; উদাহরণ- Moraxella lacunata.
গ) স্ট্রেপটোব্যাসিলাস (Streptobacillus): দুইয়ের অধিক ব্যাসিলাস ব্যাকটেরিয়া একত্রে যুক্ত হয়ে লম্বা সূত্রাকার গঠন তৈরি করে তখন তাকে স্ট্রেপটোব্যাসিলাস বলে; উদাহরণ- Streptobacillus moniliformis.
ঘ) কক্কোব্যাসিলাস (Coccobacillus): যখন ব্যাকটেরিয়াগুলো সামান্য লম্বা বা কতকটা ডিম্বাকার হয় তখন তাকে কক্কোব্যাসিলাস বলে; উদাহরণ-Salmonella, Mycobacterium.
ঙ) প্যালিসেড ব্যাসিলাস (Palisade bacillus): কখনো কখনো ব্যাসিলাস জাতীয় ব্যাকটেরিয়াগুলো পাশাপাশি সমান্তরালভাবে অবস্থান করে অলীক টিস্যুর ন্যায় গঠন তৈরি করে তখন তাকে প্যালিসেড ব্যাসিলাস বলে; উদাহরণ-Lampropedia sp.
৩. কমাকৃতি বা ভিব্রিও (Comma or Vibrio): যেসব ব্যাকটেরিয়া সাধারণত কমা চিহ্নের ন্যায় তাদের কমা ব্যাকটেরিয়া বলা হয়; উদাহরণ- Vibrio cholerae.
৪. স্পাইরিলাম (Spirillum) (বহুবচনে স্পাইরিলা Pl. spirilla): প্যাঁচানো বা সর্পিলাকার ব্যাকটেরিয়াকে স্পাইরিলাম বলে; উদাহরণ- Spirillum minus.
৫. বহুরূপি (Pleomorphic): সুনির্দিষ্ট আকারবিহীন ব্যাকটেরিয়াকে বহুরূপি ব্যাকটেরিয়া বলা হয়; উদা. Rhizobium sp.
৬. স্টিলেট বা তারকাকার (Stellate or Star shaped): এরা দেখতে অনেকটা তারকার ন্যায়; যেমন- Stella sp.
৭. বর্গাকৃতির (Square shaped): চার বাহুবিশিষ্ট ব্যাকটেরিয়াকেই বর্গাকৃতির ব্যাকটেরিয়া বলা হয়। যেমন- Haloquadratum walsbyi।
৮. ফিলামেন্টাস (Filamentus): এদের গঠন যখন সূত্রাকার হয় তখন তাকে ফিলামেন্টাস বলে। যেমন, Candidatus savagella